Autor 
Miércoles 3 de abril, 2013, Atlante 1-1 Puebla, penales: Atlante 5-4 Puebla 19:00 hrs.
Estadio: Andrés Quintana Roo, árbitro: Jorge Antonio Pérez Durán, asistencia: 9, 295.
Atlante venció en tanda de penales a Puebla tras empatar a un gol en tiempo regular en la primera semifinal de la COPA MX, el cual se realizó en el Estadio Andrés Quintana Roo.
Goles: Isaac Romo 71´ para los visitantes; Esteban Paredes 78´ por los locales.
En la tanda de penales se fueron a muerte súbita, se tiraron 14. Joe Bizera falló el tercero; Puebla tenía ventaja pero Pablo González mandó por encima de la portería el cuarto. En el disparo definitivo Esteban Paredes e Isaac Romo no anotaron y alargaron la serie.
Oscar Vera y Eduardo Arce metieron el sexto cobro, pero en el séptimo anotó Luis Gerardo Venegas y después Jaime Durán erró para que los Potros se convirtieran en el primer finalista de la COPA MX.
Cruz Azul vence en Penales al América
Miércoles 3 de abril, 2013, América 1-1 Cruz Azul, penales América 4-5 Cruz Azul 21:15 hrs.
Estadio: Azteca, árbitro: Jorge Isaac Rojas, Asistencia: 73,877.
En la tanda de penales los Cementeros anotaron todos sus jugadores (Teófilo Gutiérrez, Javier Orozco, Rogelio Chávez, Alejandro Castro y Christian Giménez); los Azulcremas iban con paso perfecto, pero en el quinto tiro falló Aquivaldo Mosquera y así la Máquina se instaló en la Gran Final de la COPA MX.
La Gran Final de Copa MX Clausura 2013
Los dirigidos por Daniel Guzmán dejaron en el camino al Atlas, en Cuartos de Final y a Puebla en Semifinales, ambos duelos se decidieron con tanda desde los once pasos.
La Máquina venció a Jaguares por la mínima en Cuartos de Final mientras que en Semifinales se impusieron a las Águilas como visitante. Ahora es el turno que en 90 minutos se defina al nuevo campeón de la COPA MX.